מלחמת לבנון השנייה התנהלה בין ישראל לחיזבאללה בקיץ 2006 בלבנון ובצפון ישראל. כבר מתחילת המלחמה החל חיזבאללה בהפגזת העורף הישראלי בפצצות מרגמה ורקטות. ההפגזות התעצמו ככל שהחריף העימות. הרקטות פגעו בכל אזור הצפון מכרמיאל וחיפה במערב ועד טבריה במזרח, בית שאן ועפולה בדרום. מירי הרקטות נהרגו 44 אזרחים ו -12 חיילים. ירי הרקטות גרם לעזיבתם של שליש מתושבי הצפון וירידתם למרכז ודרום הארץ.

במלחמת לבנון השנייה נתגלו כשלים רבים, חלקם חמורים ביותר, בהיערכות רשויות השלטון לטיפול בעורף בעת חירום, וליכולת הטיפול באוכלוסייה האזרחית בעת מלחמה. מוכנות לקויה זו הותירה את החוליה החלשה שבחברה הישראלית בצפון הארץ (עולים חדשים, נכים, קשישים ועוד ) חשופים, פגיעים וחסרי הגנה.  

סל"ע הגישה סיוע ותמיכה למשפחות השכולות, למשפחות הנפגעים, ולאוכלוסיית העולים בצפון הארץ שכללה אנשים המתקשים להגיע לטיפול רפואי, נכים וקשישים, בעלי צרכים מיוחדים, ומשפחות שפונו מבתים שנהרסו.

סלע סיפקה דיור חלופי זמני באמצעות מתנדביה למשפחות שפונו מבתיהן כמו למשל, משפחה עם שלושה ילדים שבה האם עומדת ללדת, ונאלצה לעזוב את ביתה מאחר  שהעיר בה הם מתגוררים נמצאת תחת הפגזה כבדה.

הסיוע של סל"ע לעולים במהלך מלחמת לבנון השנייה כלל: מענקי חירום, מזון ומוצרי צריכה חיוניים, הסעות, תיווך מול רשויות, ותמיכה וליווי לעולים עריריים.